L'idée de l'agence naît pendant la campagne référendaire du Traité Constitutionnel Européen. Benoît Thieulin, alors en tête du département média du SIG (service d'information du gouvernement), créé l'Observatoire de la net-campagne référendaire, et met ainsi à jour la puissance des réseaux qui s'organisent sur le net annonçant la victoire du non. Il tentera par la suite d'apporter une réponse au naufrage de la « toile européenne » en créant, pour le Centre d'information sur l'Europe, le portail touteleurope.fr.

Mais c'est en 2006, à l'occasion des primaires du parti socialiste que le Netscouade se constitue progressivement autour de la candidature de Ségolène Royal. Inspirée par la mobilisation des sympathisants du candidat démocrate Howard Dean sur Internet, l'équipe observe, analyse et expérimente de nouveaux modes d'échange et de participation, et fait du site Désirs d'Avenir le carrefour des débats participatifs. Au sein de l'équipe - qui compte neuf autres membres - David Clavereau supervise les modérateurs et les synthétiseurs du site, Thomas Lecourbe créé les premières listes de coordination du réseau des bloggeurs tandis que Julien Dreher met en place le dispositif de veille d'opinion du net. Marie Tregouët réalise le contenu éditorial du site; Stan Hannoun et Sarah Jacquet assurent la mobilisation des e-militants.

Tous feront partie, en janvier 2007, de l'équipe internet officielle de Ségolène Royal. Aujourd'hui, la Netscouade est une agence internet spécialisée dans l'étude, la communication, l'influence et la participation.